Zoogdieren
De verzameling Zoogdieren bestaat uit opgezette zoogdieren, skeletmateriaal, schedels, jachttrofeeën en diverse onderdelen van dieren zoals huiden en nagels.
Erin zijn ook zeldzaamheden van nationaal belang vertegenwoordigd, zoals het complete skelet van de ‘Egmondse’ potvis uit 1979. Spectaculair is het skelet en het opgezette dier van een mannetjesgiraf ‘Mark’ uit Diergaarde Blijdorp.
Vogels
Deze deelcollectie bevat opgezette vogels, balgen, skeletten, schedels, vloeistofpreparaten, eieren en nesten. De nadruk ligt op vogels uit de voormalige Nederlandse koloniën en het palearctisch gebied met name Nederland. De collectie bevat zeldzame en bedreigde subtropische en tropische soorten (CITES). Met name de opgezette vogels zijn van belang.
De meeste inheemse soorten zijn aanwezig waaronder verschillende soorten uit de Rode lijst. Bij de opgezette vogels is een grote diversiteit van houdingen zoals baltsend, parend, jongen voerend, nestelend en vliegend.
Reptielen en amfibieën
Deze collectie is beperkt in omvang en omvat vooral dieren die wat uiterlijk of levenswijze betreft tot de verbeelding spreken. Door klimaatverandering en vernietiging van leefgebieden illustreert deze groep bij uitstek de invloed van de mens op de ecosystemen en biodiversiteit.
Vissen
Deze collectie laat een doorsnede zien van de vissen uit de noordelijke Atlantische Oceaan met nadruk op de Noordzee. Daarnaast is er een bescheiden aandeel van zeevissen uit de tropen.